В развитии органического мира Земли были переломные моменты, когда повсеместно происходила быстрая смена фаун и флор, отмечавшая рубежи между эрами. Наиболее значительная и коренная смена морских и наземных организмов приурочена к началу мезозоя, когда большинство палеозойских форм или вымерло полностью, или испытало быструю эволюцию в направлениях, отличных от хода их развития в палеозое. Однако до сих пор мало конкретных наблюдений, показывающих, как именно протекал процесс смены фаун и флор на рубеже перми и триаса; кроме того, мнения о характере этой смены противоречивы. Одни исследователи считают, что процесс был очень быстрым, почти катастрофическим и одновременным для всех групп организмов; другие высказывают соображения в пользу более постепенного его течения и несовпадения во времени переломных периодов в развитии разных групп.

В палеоэкологии обычно постулируется, что отношения между организмами и средой в прошлом контролировались теми же законами, что и ныне. Это положение нашло наиболее яркое воплощение в работах, посвященных адаптивной стратегии крупных таксонов, морфофилогенез которых рассматривался в связи с изменениями абиотических факторен среды. Значительно меньше впиманпя в эволюционной палеоэкологии уделялось эволюции сообществ (=биоценозов) как группировок видок, связанных при жизни.